Em apenas seis meses no Flamengo, Pablo Marí foi titular na conquista de uma Taça Libertadores que não vinha há 38 anos e de um Campeonato Brasileiro que o time não vencia há uma década — ambos conquistados em menos de 24 horas, sendo que nunca anterioremente um time tinha vencido as duas competições no mesmo ano. Apesar disso, houve quem rejeitasse a noção de que Marí possa ter se tornado um ídolo do Flamengo tendo ficado no clube por tão pouco tempo.
Quando a notícia da venda do jogador foi dada como certa, o MRN fez uma enquete com seus leitores no Twitter para perguntar se Marí é ídolo do clube ou não. A imensa maioria respondeu que sim, Marí é ídolo do Flamengo apesar do pouco tempo no clube.
Pablo Marí estreou pelo Flamengo no dia 28 de julho de 2019 e disputou 30 partidas pelo clube, com 22 vitórias, 5 empates e somente 3 derrotas. Marcou três gols, um deles na histórica goleada contra o Grêmio na semifinal da Libertadores. Tornou-se o primeiro jogador espanhol a conquistar uma Libertadores em 60 anos de competição. Além dos títulos, ganhou ainda o prêmio individual como um dos melhores zagueiros do Campeonato Brasileiro na premiação oficial da CBF.
Marí deixou uma mensagem de despedida à torcida do Flamengo. “Vocês ganharam um torcedor a mais. Para o resto da minha vida meu coração será rubro-negro”.
O zagueiro deixou o clube por empréstimo com obrigação de compra ao fim do contrato pelo Arsenal, da Inglaterra. Para o seu lugar, o Flamengo já anunciou a chegada de Léo Pereira, ex-Athletico-PR.