Após sair do Flamengo, em função de um cargo na coordenação da CBF, Juan irá adquirir uma posição importante em trabalhos de campo da seleção brasileira. O ex-jogador desempenhará um ofício diferente em relação àquele que cumpriu no Flamengo.
Na Amarelinha, o novo coordenador técnico irá sentar no banco de reservas, ao lado de Dorival Júnior. Sua função será importante, levando em consideração, possíveis orientações direcionadas a defesa do time Além disso, espera-se que Juan trabalhe junto com Rodrigo Caetano, o coordenador executivo geral das Seleções Masculinas.
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O ex-Flamengo atuaria diretamente com Rodrigo Caetano na questão de planejamento de viagens de observação, marcação de amistoso, visitas ao centros de treinamento e administração do departamento. Juan descreve seu novo cargo a frente da Seleção como uma “função totalmente técnica”.
Juan foi bem-sucedido como gerente técnico do Flamengo.
Por mais que Juan fosse criticado pela torcida, em relação ao desenvolvimento de seu trabalho, o atleta aposentado saiu do Flamengo em alta. Como gerente técnico do clube, o ex-zagueiro conquistou dez títulos sendo eles: Copa Libertadores da América: 2019 e 2022, Campeonato Brasileiro: 2019 e 2020, Copa do Brasil: 2022, Recopa Sul-Americana 2020, Supercopa do Brasil: 2020 e 2021 e Campeonato Carioca: 2020 e 2021.